HPV‘ nin tedavisinde diğer enfeksiyonlarda olduğu gibi ağızdan alınan bir ilaç, krem veya aşı ile kesin bir tedavisi bugün için yoktur. Virüs bir kez vücuda girdiği zaman bağışıklık sisteminin gücüne ve virüsün etki gücüne göre yıllarca, hatta ömür boyu vücut içinde sinsi bir şekilde kalır. Bununla birlikte ortaya çıkardığı lezyonlar yani siğiller mutlaka zaman kaybetmeden tedavi edilmeli ve yakılmalıdırlar.
Amaç, tedavi ile virüsün hızla yayılmasını ve bulaşmasını engellemek ve aynı zamanda virüsün oluşturmuş olduğu siğiller yani kondilomların yok edilip cinsel organın sağlıklı ve hijyenik duruma getirilmesidir.
Genital siğillerin tedavisinde en sık olarak cerrahi eksizyon (operasyonla lezyonun kesilerek çıkartılması), krioterapi (dondurma), lazerle siğil tedavisi, koter (yakma) tedavileri, antiviral kremler ve ilaç tedavileri uygulanmaktadır.
Muayenehanemde lazerle siğil tedavisi başta olmak üzere genital siğil tedavileri yapılmaktadır.